Но вот закрывается приложение очень необычно.
Дело в том, что PowerChute (та программа которая поставляется с UPS
by APC) и ТМ не совсем дружат друг с другом, в тот момент когда PowerChute
посылает окну ТМ (МРВ) команду закрыть (завершение работы).
Наша АСУТП допускает работу без ТМ определенное время.

В общем то не совсем понятно, что значит "не дружит в момент посылания сообщения окну"...
Во-первых, наверное, это не PowerChute посылает сообщение, а сама Windows.
Во-вторых, ситуция наверное на экране такая:
NT посылает WM_CLOSE, но приложение не закрывается. Поэтому выводится окошко пользователю с предложениями "Подождать", "Закрыть приложение", "отменить". И стоит так до тех пор, пока не сядет UPS. Верно?

Готового решения я лично не знаю, но могу посоветовать следующее:
в какой-то программе для твикинга Windows была опция, которая заставляла NT закрывать задачу по прохождению таймаута без вопросов к пользователю. Может это поможет ? Вот только где искать эту опцию, я не знаю.

А вот если PowerChute сама по себе извращенная программа и посылает сообщение не системе, а каждому окну по очереди, то даже и не знаю что посоветовать...

Надо обсудить прежде всего "правовой" механизм.
Высказывайтесь.